První písemná zmínka o osadě Přední Ovenec je v listině knížete a biskupa Jindřicha Břetislava z roku 1197. Tento dokument potvrzuje, že vladyka Hroznata daroval před cestou do Svaté země popluží v Ovenci jím založenému premontstrátskému klášteru v Teplé. K Hroznatovu majetku příslušel koncem 12. století poplužní dvůr, který se nacházel v místech dnes již zbořeného dvora čp. 6 a několik usedlostí. K nim patřily polnosti, louky, pastviny a lesíky, a dále část bývalého ostrova ve Vltavě, potoky (strouhy), rybník a řeka.
Dříve než se Hroznata vydal na křížovou výpravu na Blízký východ, sepsal roku 1197 závěť, v níž odkázal svůj majetek řádu Premonstrátů z kláštera v Teplé. Hroznata se však vrátil z křížové výpravy živ a zdráv, a tak si musel klášter v Teplé počakt na dědictví až do Hroznatovy smrti.
Ve 13. století zde byly dva dvory a zdejší pozemky patřily zčásti klášteru svatého Jiří a zčásti purkrabímu Pražského hradu. Z listin z roku 1228 a 1233 vyplývá, že majetek kláštera se skládal též z poplužního dvora, mlýna (později nazvaného Císařský), dvou usedlostí, polí, luk, vinic, štěpnic, lesa a řeky. Vinice se štěpnicí se nacházely na vrchu Pecka.
Význam obce byl posílen kolem roku 1268, kdy byla Přemyslem Otakarem II. založena Královská obora. V roce 1311 připsala královna Eliška ovenecké vinice zderazskému klášteru, jemuž vděčila za záchranu před hněvem svého královského manžela Jana Lucemburského.
Z roku 1313 pocházejí zprávy o románském filiálním kostelu, patrně založeném kapitulou svatovítskou, na niž přešel majetek purkrabího. Jeho původ je však zřejmě starší. V roce 1319 je kostel připomínán už jako farní. Tehdejším oveneckým farářem byl kněz Vlk. Existenci fary pak na tři a půl století ukončila husitská revoluce. Brzká výstavba kamenného kostela svědčí o tom, že Bubeneč nebyl ve středověku bez významu. Těžil z polohy na přístupu ku Praze, blízkosti brodu přes Vltavu a z dvorských aktivit v Královské oboře, kterým poskytoval hospodářské zázemí. Když hledal Karel IV. místo pro vybudování "Nového Města", původně uvažoval právě o tomto příhodném území, protože by byl Pražský hrad obklopen městem i z druhé strany.
Po roce 1420 patřily zdejší pozemky Starému Městu, přesněji staroměstským měšťanům. Po Žižkově vítězství na Vítkově zabavilo Staré Město veškerý majetek. Císař Zikmund připsal pak dvůr Ovenec Vaňkovi z Larvě za jeho statečné vystoupení v boji o Karlův most. Jiřík z Poděbrad věnoval později dvůr Čeňkovi z Klinkštejna, pražskému purkrabímu, za služby mu prokázané.
Roku 1547 byl v souvislosti s potlačením vzpoury šlechty a měst všechen městský majetek Ferdinandem I. zkonfiskován a rozprodán soukromým majitelům. Mezi nimi později vynikl profesor Josef Buček z Heraltic, významný přírodovědec, který mezi lety 1741-1782 vybudoval při ulici Ve struhách rozsáhlé sady. Tyto sady byly počátkem 20. století rozparcelovány, zčásti proměněny na hřbitov a zčásti využity k vilové zástavbě. Dílo profesora Bučka bylo po vzniku republiky připomenuto pojmenováním jedné z hlavních bubenečských ulic (dnešní Rooseveltova).
Až v roce 1562 byl učiněn úplný soupis dvorců a chalup. V Ovenci tehdy bylo 6 dvorců, 10 chalup, 2 poplužní dvory, kostel a opodál vsi mlýn. Lze předpokládat, že počet hospodářských živností se co do počtu nelišil od století patnáctého.
Po roce 1620 připadla většina území Tomáši Markusovi z Markfeldu, císařskému komorníkovi, jenž koupil dvůr, patřící ze čtyř pětin provinilému Janu Kechlovi z Holnštejna za pakatel.
V roce 1771 bylo zřízeno u kostela stálé kaplanství a roku 1786 obnovena fara. V roce 1801 byl postaven na místě původního románského nový kostel sv. Gottharda v klasicistním stylu s kaplí. Do roku 1806 býval u kostela i hřbitov, který byl později přemístěn blíže ke Královské oboře a roku 1888 úplně zrušen. V okolí kostela byla soustředěna nejstarší zástavba obce. Půvab této oblasti ocenili někteří umělci, například Antonín Mánes na svém obrazu "Vesnice Bubeneč". V roce 1827 o Bubenči K. V. Zap napsal: "Jest to nejvýstavnější a nejčistší ves v celém okolí pražském".
V rámci správních reforem císaře Josefa II. byl Přední Ovenec v roce 1784 jako osada veská, spolu s Královskou oborou, štěpnicí, bažantnicí a Císařským mlýnem a dále sousední obcí Bubny, začleněn do katastru berní obce Holešovice.
Již koncem 18., ale zejména v 19. století, docházelo postupně k podstatnějším změnám původního zemědělského vesnického charakteru Předního Ovence, kdy poblíž řeky vyrostlo několik průmyslových podniků. V 80. letech 19. století začaly vznikat městské domy v oblasti Letné, na přelomu 19. a 20. století pak vznikla vilová zástavba východním směrem od dnešní Pelléovy ulice a v oblasti Brusky byly stavěny činžovní domy. K rozkvětu přispěl také rozvoj dopravy, zejména železnice a tramvajového spojení.
V roce 1840 se stal samostatnou katastrální obcí a 17. března 1849 byla po vyhlášení tzv. provizorního obecního zřízení ustanovena obec politická. 17. září 1850 se konaly v Královské dvoraně první samostatné obecní volby a vznikly první orgány samosprávy obce. Kolem roku 1848 patřil Přední Ovenec do panství purkrabského a kraje Rakovnického (tehdejší kraje zasahovaly hluboko do dnešního území Prahy), politicky byl přičleněn k okresu Smíchov. Podle obecního zřízení z 16. dubna 1864 spravoval Královskou oboru Zemský správní výbor, a ačkoliv byla i nadále součástí jeho katastrálního území, byla vyjmuta z pravomoci Předního Ovence a přičleněna k hejtmanství smíchovskému. V roce 1881 byl, zejména kvůli výši činžovní a potravní daně a požadavkům na zavedení pitné vody a kanalizace, připojení k osvětlení a k dopravní síti, zamítnut návrh na sloučení s Prahou. Další jednání o připojení byla zahájena koncem roku 1896.
Nejvyšším rozhodnutím císaře Františka Josefa I. ze dne 26. října 1904 byl Bubeneč povýšen na město. Rozhodnutí bylo publikováno místodržitelskou vyhláškou 11. listopadu 1904.
Dne 21. 5. 1907 schválilo zastupitelstvo Královského města Prahy všechny požadavky města Bubeneč podmiňující připojení k Praze. K nabytí právní platnosti bylo třeba schválení zemským sněmem. Ten však nebyl pro národnostní neshody usnášeníschopný a v roce 1913 byl zcela rozpuštěn. Bubeneč se tedy stal součástí Prahy až po 1. světové válce k 1. lednu 1922 na základě zákona o vytvoření "Velké Prahy" (zákon č. 114 Sb. z 6. února 1920) a byl začleněn do XIX. obvodu. Severovýchodním směrem od Vítězného náměstí v té době vznikala moderní obytná čtvrť s řadou staveb veřejného charakteru a činžovními domy. Směrem ke hřbitovu se dále rozrůstala čtvrť vilová. Rostoucí význam obce v prvním třech desetiletích 20. století dobře dokládá přírůstek obyvatel. Další vývoj zastavila okupace. Bubeneč byl postižen velkou koncentrací německých nacistických a vojenských orgánů, které obsadily všechny budovy československé armády a množství vil a bytů po židovských občanech. Poválečná výstavba se dotkla Bubenče jen málo. Vzniklo několik řad bytových domů v ulicích Ve struhách, Čínská a Albánská a několik jednotlivých staveb, jako například škola v ulici Antonína Čermáka, Bubenečská kolej v Terronské ulici. V oblasti Starého Bubenče byla v 70. letech zlikvidována řada původních starých domů a postavena škola a areál obytných domů sloužící potřebě Ruské federace.