Vltava

V roce 1857 byl vypracován plán na zřízení velkého vodního plavebního tunelu pod Letnou, který měl vést z centra směrem k Císařského mlýnu, kde měl být zřízen přístav. Projekt, jehož náklady měly činit 1,5 milionu zlatých, byl tehdy zmařen rakousko-italskou válkou. 

Na konci 19. století bylo rozhodnuto o splavnění Vltavy a Labe z Prahy do Ústí nad Labem. V rámci celkové plavební a protipovodňové regulace se řeka v okolí Císařského ostrova zásadním způsobem proměnila. Stavba započala 22. června 1899 a významně ovlivnila řečiště a ramena Vltavy. Dne 14. června 1902 bylo pro plavbu slavnostně otevřeno zdymadlo, sestávající se z trojského jezu, bubenečského plavebního kanálu a plavebních komor v Podbabě. Stálo přes 4 miliony korun, projekt byl vypracován kanceláří "Komise pro kanalisování Labe a Vltavy" a práce provedla firma A. Lanna. 

Původní říční koryto Vltavy s přirozeným spádem hladiny se dochovalo severně od Císařského ostrova a tvoří katastrální hranici mezi Bubenčem a Trojou. Před regulační úpravou zde byly tři velké ostrovy: Císařský, Trojský a Holešovický. V řečišti se dále na různých místech objevovaly a zase ztrácely malé naplavené ostrůvky. Vlivem povodní se krajina měnila, Císařský ostrov například v 18. století rozdělovalo napříč ještě jedno říční rameno. Trojský ostrov, od trojské pevniny oddělený ramenem Trojského mlýna, se nacházel na území dolní části dnešní zoologické zahrady a nejedná se tedy o duplicitní pojmenování ostrova Císařského. Trojský i Holešovický ostrov se staly na začátku 20. století součástí trojské pevniny.

Bubenečský plavební kanál

Přirozený spád Vltavy zmírňuje pro potřeby plavby zdymadlo, které je tvořeno trojským jezem, bubenečským plavebním kanálem a plavebními komorami v Podbabě. Trojský jez (říční km 45,58) byl již v sedmdesátých letech z původního ručně ovládaného hradlového jezu přestavěn v moderní klapkový. Hradící klapkové těleso se hydraulickými válci zdvíhá nebo spouští podle průtoku v řece tak, aby hladina nad jezem spočívala stále na téže úrovni. Bubenečský plavební kanál byl zřízen pro obeplutí peřejí na hlavním toku Vltavy, které jsou pro plavbu příliš mělké. Vytvořil nový půdorys Císařského ostrova, který odděluje od Královské obory. Od té odřízl sady, které k ní původně patřily a přerušil také původní říční rameno tekoucí k Císařskému mlýnu. To bylo z velké části zasypáno a jeho torzem zachovaným do dneška je tzv. Malá říčka. Kanál je dlouhý 2,8 km a široký 20 metrů na dně koryta a 30 metrů na hladině. Plavební komory v Podbabě (říční km 43,48) prošly v letech 1994-1997 rekonstrukcí. Provedena byla generální oprava malé plavební komory a v prostoru původní velké plavební komory byla vybudována komora zcela nová dlouhá 135 m a široká 12 m. Součástí přestavby bylo rovněž zřízení dvou vodních elektráren v bočních zdech větší komory.

Malá říčka

Původní levostranné rameno Vltavy zůstalo částečně zachováno jako parková vodní plocha zvaná Malá říčka. Ta je ukončena hrází, která byla po povodních v roce 2002 rekonstruována. Dále pokračuje potok, který před Císařským mlýnem vtéká do potrubí, zleva se k němu připojuje rovněž podzemím vedený potok Dejvický, prochází pod plavebním kanálem a Císařským ostrovem a ústí do přirozeného řečiště Vltavy.